ويشغل المتحف الحيوانى 3 طوابق داخل حديقة الحيوان، ويضم 2366 نوعا من الطيور والثدييات والزواحف وجماجم الحيوانات ورؤوس الحيوانات والهياكل العظمية للحيوانات، منها 1352 نوعا من الطيور و555 نوعا من الثدييات و259 نوعا من الزواحف و115 نوعا من جماجم الحيوانات و61 رأسا لحيوانات و25 هيكلا عظميا،وتعد هذه المجموعات من المحنطات التى لها مرجعية ضخمة فى تقسيم وتصنيف المملكة الحيوانية وخاصة الطيور وتخدم الدارسين فى علم الحيوان وزوار حديقة الحيوان.
واستغرق تنفيذ المتحف الحيوانى 3 سنوات ويضم 3 مجموعات للطيور والزواحف المصرية، ومجموعة من الثدييات والقوارض، والطيور والزواحف وجماجم الحيوانات ورؤوس الحيوانات والهياكل العظمية للحيوانات، ويضم أيضا نمرا مصريا كان يعيش فى سيناء والفهد الأفريقى والغزال الأبيض الذى كان موجودا فى البيئة المصرية قبل مائة عام والتمساح النيلى المحنط بالطريق الفرعونية ولا يوجد له مثيل فى المتاحف العالمية وطائر أبو منجل المقدس لدى الفراعنة والذى انقرض من مصر.
في الوقت نفسه اكدت وزارة الزراعة استمرارها فى خطة تطوير حديقة حيوان الجيزة للحفاظ على أصولها واستثماراتها، وإعادتها إلى التصنيف الدولى كأفضل حدائق الحيوان فى العالم، خاصة وأنها تعد من التراث العالمى وثانى أقدم حديقة حيوان فى العالم، مشيرا إلى أن مخطط التطوير يعتمد على تطبيق المعايير الدولية لتطوير حدائق الحيوان بالاستعانة بالخبرات المحلية والدولية.
